Маркако́льский госуда́рственный приро́дный запове́дник (Шаблон:Lang-kk) — заповедник в Восточно-Казахстанской области, в окрестностях озера Маркаколь. Основан 4 августа 1976 года, площадь 71,3 тыс. га.

Файл:Markakol map-ru.png
Карта Маркакольского заповедника
Постановлением Правительства Республики Казахстан от 11 декабря 2007 года N 1214 «О предоставлении земельных участков в постоянное землепользование государственному учреждению „Маркакольский государственный природный заповедник“ Комитета лесного и охотничьего хозяйства Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан» площадь заповедника расширена до 102 979 га.

Охраняет природные комплексы лугов, степей, лиственничной тайги, горных темнохвойных лесов, зарослей пихтового стланика, субальпийских и альпийских лугов и каменистых тундр на склонах гор южного Алтая в районе лежащего на высоте 1.5 км высокогорного озера.
Флора включает более 700 видов высших растений.
В фауне заповедника представлено 55 видов млекопитающих, среди которых лось, косуля, марал, кабан, бурый медведь, волк, росомаха, горностай, хорь, ласка, барсук, колонок, солонгой, выдра, соболь, американская норка, изредка снежный барс, а также 250 видов птиц (утки, поганки, чёрный аист, кулики, чайки, крачки, дикие голуби, тетерев, глухарь, рябчик, серая куропатка, улар, кеклик, чеглок, пустельга, луни, чёрный коршун, беркут, орлан-белохвост, сарыч, осоед, скопа, ястреб-тетеревятник, совы и другие пернатые). В водах озера Маркаколь встречаются хариус, голец, пескарь и озерный