Толеген Айбергенов родился 8 марта 1937 года в Кунградском районе Кара-Калпакской АССР (ныне Республика Каракалпакстан) Узбекской ССР в семье колхозника. После окончания средней школы поступил на историко-филологический факультет Ташкентского государственного педагогического института имени Низами, который окончил в 1959 году.
По завершении учёбы в институте он вернулся в родное село и стал работать учителем русского языка и истории родного района в местной школе.
В 1962—1965 годах занимал пост директора школы рабочей молодёжи (т. н. вечерней школы) в Сарыагашском районе нынешней Южно-Казахстанской области.
