Жанкожа, родившийся в ауле вблизи Аральского моря, происходил из простого казахского рода Шекты (полное название Шекты — Орис — Есенали — Кишкене — Куттык — Майдан — Кулжаман), входящего в племенной союз Алимулы. Тем не менее, его дед Киикбай-батыр был главным визирем и главнокомандующим у Абулхаир-хана.
Жанкожа-батыр не испытывал пиетета перед правителями т. н. «белой кости» (ак-суйек на казахском языке), власть которых зачастую была весьма условной, и самолично управлял своими сородичами, которых насчитывалось несколько десятков тысяч юрт. Кочевья рода Шекты находились в районе северо-восточной части Аральского моря и вдоль нижнего течения Сыр-Дарьи. Фактически Жанкожа выступал правителем, ханом и других присырдарьинских и приаральских родов.
